Fruchtbarkeitsexperten halten Beaties Geschichte für glaubwürdig und biologisch gesehen völlig plausibel. In Fachkreisen wird allerdings diskutiert, ob Beaties zehn Jahre andauernde Behandlung mit Testosteron erhöhte Gesundheitsrisiken für den Fötus mit sich bringt. Medizinische Untersuchungen zum Thema gibt es nur wenige und die Ärzte sind sich uneinig: Dr. Charles Garramoni, Facharzt für plastische Chirurgie aus Florida, der sich auf Geschlechtsumwandlungen spezialisiert hat, bei der die Frau zum Mann wird, glaubt, dass die Gefahren für das Baby gering sind: „Wenn Beatie das Testosteron unter Aufsicht eines Endokrinologen genommen hat, muss er sich keine Sorgen machen.“
Michael Bartalos, ein Genetiker und Internist aus New York, der viele transsexuellen Patienten hat, sieht dagegen Probleme im Bezug auf die Eizellen des Patienten: „Medizinisch gesehen sind Frauen geboren mit allen ihren Eizellen, eben auch die, die später einmal befruchtet werden. Wenn diese Eizellen jahrelang Medikamenten oder Hormonen ausgesetzt sind, kann das negative Folgen haben“, erklärt Bartalos. Und auch wenn das Baby gesund zur Welt komme, glaubt Bartalos, dass ein erhöhtes Krebsrisiko im Erwachsenalter gegeben sei.
Ein anderes Problem, das vor allem in der Transsexuellen-Szene diskutiert wird, sind mögliche soziale und psychische Folgen für das Baby – die Befürchtung, dass ein Kind mit einem transsexuellen Vater lebenslangen Hänseleien und Spott ausgesetzt sein wird. Laut Psychologin Katherine Rachlin eine durchaus verständliche, aber unbegründete Sorge.
Rachlin arbeitet mit Transsexuellen und ihren Familien: „ Viele Familien, die zu mir kommen, befürchten Hohn und Gespött für ihre Kinder. Untersuchungen haben gezeigt, dass Kinder mit einem transsexuellen Elternteil keine höhere Anfälligkeit haben für psychologische Probleme im Erwachsenenalter.“ Rachlin ist optimistisch für das Baby von Thomas Beatie: „ Die Eltern mussten einiges durchmachen um schwanger zu werden. So gesehen, ist das Baby ein Wunschkind und das ist eine gute Voraussetzung für ein glückliches Aufwachsen.“
Laut Doktor Garramoni ist es nicht selten für Frauen, die sich wie Beatie einer Geschlechtsumwandlung unterzogen haben, ihre Reproduktionsorgane zu behalten. Damit bleibt das Kinderkriegen zumindest eine Option. In den USA ist es für Transsexuelle oft schwierig Kinder zu adoptieren und in manchen US-Bundesstaaten ist eine solche Adoption sogar gegen das Gesetz.  
Doktor Garramoni, der selbst mehr als hundert Geschlechtsoperationen durchgeführt hat, sieht täglich, wie sehr seine Patienten mit Vorurteilen zu kämpfen haben: „Die meisten Leute denken Transsexuelle sind seelisch labil, und emotional verwirrt. In meiner Praxis sehen meine Mitarbeiter und ich jeden Tag, dass das nicht stimmt.“ Kritikern seines Verhaltens hält der künftige Vater Thomas Beatie entgegen, „dass Kinderkriegen weder ein ausschließlich weiblicher noch ein lediglich männlicher Wunsch ist, sondern ein Verlangen das alle Menschen haben.“
Für den schwangeren Mann verläuft die Schwangerschaft bisher ohne große Komplikationen. Das Baby soll am 3. Juli zur Welt kommen.